Das IOS legt großen Wert auf die Gleichstellung aller seiner Mitarbeiter*innen, in allen Arbeitsbereichen und Karrierephasen, und setzt sich aktiv für die Förderung von Chancengleichheit ein. Als Mitglied der Leibniz-Gemeinschaft bekennt sich das IOS zu den Zielen und Grundsätzen der Leibniz-Gleichstellungsstandards. Gleichstellung und Chancengleichheit sind ein durchgängiges Leitprinzip im Handeln des Institutes und seiner Entscheidungen. Eine zentrale Grundlage im Bereich der Gleichstellung ist darüber hinaus die Ausführungsvereinbarung der Gemeinsamen Wissenschaftskonferenz (GWK) über die Gleichstellung von Frauen und Männern bei der gemeinsamen Forschungsförderung. Deren Ziel ist es, „die Gleichstellung von Männern und Frauen zu verwirklichen, bestehende Benachteiligungen aufgrund des Geschlechts, insbesondere Benachteiligungen von Frauen, zu beseitigen und künftige Benachteiligungen zu verhindern, die Familienfreundlichkeit sowie die Vereinbarkeit von Familie, Pflege- und Berufstätigkeit für Frauen und Männer zu verbessern.“ Das IOS folgt dabei dem Bayerischen Gleichstellungsgesetz, insbesondere bezüglich der Erhöhung des Anteils der Frauen in Bereichen, in denen sie erheblich unterrepräsentiert sind. Ziel ist es, eine ausgewogene Beteiligung von Frauen – gerade auch in Leitungsfunktionen – zu erreichen und für eine gleichberechtigte Teilhabe in Gremien zu sorgen. Schließlich orientiert sich das IOS an den forschungsorientierten Gleichstellungsstandards der Deutschen Forschungsgemeinschaft.
Gleichstellung begreift das IOS als Querschnittsaufgabe, zu der insbesondere alle Personen mit Leitungsaufgaben beitragen, um die nachhaltige Durchsetzung der Chancengleichheit von Frauen und Männern sowie weiterer Geschlechter zu fördern und auf die Beseitigung bestehender Nachteile aller Geschlechter hinzuwirken. Mit Blick auf die Bedeutung der Gleichstellung für wissenschaftliche Exzellenz sowie den gesellschaftlichen Auftrag, dem sich das IOS verpflichtet fühlt, gilt es, alle Maßnahmen zur Personalentwicklung und der Förderung des wissenschaftlichen Nachwuchses am Prinzip der Chancengleichheit auszurichten. Zudem erachtet es das IOS als geistes- und sozialwissenschaftliche Forschungseinrichtung für selbstverständlich, das Thema Geschlechterbeziehungen in seiner Forschung aufzugreifen und die Bedeutung der Kategorie Gender für gesellschaftliche Prozesse zu reflektieren.
Um die Gleichstellung am Institut weiter zu verbessern, hat das IOS im April 2024 sein Gleichstellungskonzept überarbeitet und mit einem revidierten Maßnahmenplan zur Umsetzung versehen. Dieser Plan beruht auf einer Analyse des Ist-Standes sowie der Bewertung der bisher praktizierten Gleichstellungsmaßnahmen. Die am IOS bestellte Gleichstellungsbeauftragte und ihre Stellvertreterin unterstützen und überwachen die Umsetzung des Gleichstellungskonzepts und sind direkte Ansprechpartnerinnen für die Mitarbeiter*innen des Instituts. Im Rahmen ihrer Zuständigkeit wirken sie in allen Bereichen des Instituts mit, die grundsätzliche Bedeutung für die Gleichstellung aller Geschlechter und die Sicherung der Chancengleichheit haben können.