Die Gründung des IOS
Vom 2002 getroffenen Beschluss des bayerischen Ministerrats zur Verlagerung beider Institute sowie des Instituts für Ostrecht nach Regensburg war bereits die Rede. Trotz gegenteiliger Befürchtungen erwies sich die 2007 tatsächlich vollzogene Verlegung für beide hier behandelten Institute am Ende als eine Gelegenheit zum Neuanfang.
Am Südost-Institut wurde das wissenschaftliche Personal Anfang 2008 und erneut Anfang 2010 aufgestockt, wodurch die Tätigkeiten im Bereich der historischen und teilweise auch wieder der gegenwartsbezogenen Forschung weiter ausgedehnt werden konnten. Im Gegenwartsbereich war dadurch als erster Schritt die wissenschaftliche Redaktion von „Südosteuropa“ (inzwischen „COMPSEES“) ab 2008 wieder aus eigener Kraft gesichert. 2010 kam eine wissenschaftliche Stelle für die Betreuung des neuen Großprojekts „Handbuch zur Geschichte Südosteuropas“ hinzu. Der Bereich Bibliothek wurde ebenfalls seit etwa 2006 gezielt gestärkt. Auch als Veranstalter von Vorträgen, Reihen und Tagungen trat das Südost-Institut seit 2007 weitaus stärker in Erscheinung als jemals zuvor in seiner Geschichte. 2010 feierte es sein 80-jähriges Bestehen, und kurz vor dem Ende seiner gesonderten Existenz kam durch seine letzte Publikation mit der „Geschichte Südosteuropas“ erneut ein Grundlagenwerk aus dem Institutsprogramm hinzu, das nicht zuletzt der Vorbereitung des Handbuchprojekts gedient hatte. Mit seinem Umzug wurde das Südost-Institut bei fortbestehender Selbständigkeit zum An-Institut der Universität Regensburg. Im Oktober 2008 wurde Ulf Brunnbauer, zugleich neu berufener Professor für Südost- und Osteuropäische Geschichte an der Universität Regensburg, Direktor des Instituts. Zuvor hatte Professor Björn Hansen vom Institut für Slavistik der Universität Regensburg für ein Jahr kommissarisch die Direktion des Südost-Instituts innegehabt.
Ähnlich verlief die Entwicklung am Osteuropa-Institut. Die Wechsel an der Institutsspitze seit 2001 hatten dessen Verlagerung nach Regensburg gleichsam bereits vorweggenommen. Eine erste Personalaufstockung im Jahr 2010 kam hier der ökonomischen Forschung zugute. Die Arbeit beider Institute war zusehends von koordiniertem Vorgehen geprägt. Gemeinsame Aktivitäten erfolgten insbesondere auf der Ebene des 2007 als Kooperationsplattform ins Leben gerufenen „Wissenschaftszentrum Ost- und Südosteuropa Regensburg“ (WiOS), zu dem außerdem das zeitgleich mit umgezogene Institut für Ostrecht München sowie das 2009 ebenfalls aus München hinzugestoßene Ungarische Institut München und das 2013 gegründete „Forschungszentrum Deutsch in Mittel-, Ost- und Südosteuropa“ (DIMOS) gehören. Das Gemeinschaftliche bezog sich insbesondere auf den Bereich von Veranstaltungen sowie nochmals gesteigert auf die Aktivitäten der Bibliotheken. Die beiden großen Medienbestände des Osteuropa- und des Südost-Instituts bilden als historischer Kern der Bibliothek des Instituts für Ost- und Südosteuropaforschung (seit 2017: Leibniz-Institut für Ost- und Südosteuropaforschung) noch heute einen Grundpfeiler der Bibliothek im WiOS, die international zu den größten Spezialbibliotheken zum östlichen Europa gehört.
Die mit dem Bayerischen Staatsministerium für Wissenschaft und Kunst koordinierten Planungen zur vollständigen Verschmelzung von Südost- und Osteuropa-Institut kamen 2009 in Gang. Die Jahre 2010 und 2011 waren infolgedessen außer durch die jeweilige Wissenschaftsproduktion in erheblichem Maß von der konzeptionellen und praktischen Vorbereitung dieser Vereinigung geprägt, die in Rechtskontinuität zu der ursprünglichen Stiftung des Südost-Instituts mit 1. Januar 2012 in Kraft trat. Die erste Doppelspitze im Direktorium des aus den beiden Vorgängereinrichtungen entstandenen neuen Instituts für Ost- und Südosteuropaforschung bestand aus dem geschäftsführenden Direktor Ulf Brunnbauer und Jürgen Jerger. Nach einer intensiven (und für das IOS sehr erfolgreichen) Evaluation durch den Wissenschaftsrat im Jahr 2015 und einer positiven Stellungnahme der Kommission der Leibniz-Gemeinschaft folgte im November 2016 der Beschluss der Mitgliederversammlung der Leibniz-Gemeinschaft, das IOS in ihre Reihen aufzunehmen. Seit 1.1.2017 ist das IOS deren Mitglied und trägt seither den Namen Leibniz-Institut für Ost- und Südosteuropaforschung.