Prosperierende Jahrzehnte (1960–2000)
Der vorübergehende Schock über den Tod einer Person, die das Institut in den vorangegangenen 25 Jahren maßgeblich geprägt hatte, konnte durch die schnelle Berufung des Berliner Professors für Südosteuropäische Geschichte, Mathias Bernath, zum neuen Institutsleiter überwunden werden. Vorherige Zeitverträge wurden zunehmend in Planstellen umgewandelt. In der als eigene Struktureinheit jetzt neu etablierten Gegenwartsabteilung erfolgte die Einrichtung von Länderreferaten, die gezielt die steigende Nachfrage an Expertisen zum kommunistischen Südosteuropa bedienen konnten. Zu Griechenland und der Türkei wurde dementsprechend am Institut nicht eigenständig geforscht, auch wenn beide Länder in den Publikationen und in der am Institut verfochtenen historischen Definition der Großregion Südosteuropa sehr wohl vertreten waren. Mit dem heutzutage auch online frei zugänglichen „Biographischen Lexikon zur Geschichte Südosteuropas“ und der „Historischen Bücherkunde Südosteuropa“ legte die Historische Abteilung des Instituts ab den 1970er Jahren zwei international maßgebliche Nachschlagewerke vor. An deren Erarbeitung waren auch Autor*innen aus Südosteuropa und der westlichen Welt beteiligt, worin sich die vom Institut stets gepflegten intensiven internationalen Kontakte und das auch in der Untersuchungsregion erreichte hohe Renommee des Instituts niederschlugen. Diesem Renommee entsprach auf der anderen Seite eine durchaus intensive Überwachung der Institutsaktivitäten und -mitarbeiter*innen durch die Auslandsdienste einiger der wissenschaftlichen Partnerländer. Gegen Ende der 1970er Jahre vollzog sich am Institut selbst ein Generationswechsel, und von den neuen Mitarbeiter*innen stammten, anders als zuvor, nur mehr wenige aus dem Untersuchungsraum. 1990 folgte der Münchner Ost- und Südosteuropahistoriker Edgar Hösch als Institutsleiter auf Mathias Bernath.
Südosteuropa rückte in den 1990er Jahren in das Interesse der deutschen Öffentlichkeit, als die Systemwende in den vormals kommunistischen Staaten die allgemeinen zwischengesellschaftlichen Kontakte mit dem vereinigten Gesamtdeutschland exponentiell voranbrachte und als sich Jugoslawien ab 1991 kriegerisch auflöste. Die Gegenwartsabteilung wurde gefragter Ansprechpartner der Medien und der Politik. Auch erlangte die Bundesrepublik Deutschland nach der Wiedervereinigung zusätzliche diplomatische internationale Bedeutung, wozu die aktive deutsche Südosteuropapolitik als ein neuer außenpolitischer Schwerpunkt selbst erheblich beitrug. Die Bundesregierung erkannte den Wert der aktuellen politischen Analysen, die im Südost-Institut angefertigt wurden.
Krise und Neuanfang (2000–2007)
Auch vor diesem Hintergrund beschloss die nach Berlin umgezogene Bundesregierung, dort unter dem Dach der Stiftung Wissen und Politik (SWP) eine neue außenpolitische Denkfabrik zu gründen. Ihr sollten auch das zuvor in Köln befindliche Bundesinstitut für ostwissenschaftliche und internationale Studien (BIOst) und eben die wissenschaftlichen Angestellten der Gegenwartsabteilung des SOI angehören. Zum Jahreswechsel 2000/01 hieß es so für die Mehrzahl der bis dahin am SOI Forschenden, kurzfristig nach Berlin zu ziehen. Damit war das Südost-Institut ganz auf die verbliebene bayerische Trägerschaft angewiesen und zunächst auf nur mehr drei wissenschaftliche Mitarbeiter sowie inhaltlich vorwiegend auf den Bereich der Geschichte reduziert. Im Bibliotheksbereich und beim technischen Personal schlug sich der zeitweilige rigide Haushaltskurs der bayerischen Staatsregierung durch Kürzungen nieder. Nach dem Ausbleiben einer räumlichen Zusammenlegung in München, die über Jahrzehnte hinweg immer wieder ministeriell überlegt worden war, beschloss der bayerische Ministerrat am 12. März 2002, das Institut für Ostrecht München, das Osteuropa-Institut und das Südost-Institut von München nach Regensburg zu verlagern. Die politischen Gründe dafür waren nicht zuletzt innerbayerisch-regionalpolitischer Natur; noch 2004 versuchte eine explizit wissenschaftspolitische Initiative, diesem Beschluss ein im Schwerpunkt südosteuropabezogenes Konzept für eine Zusammenlegung in München entgegenzustellen. Im selben Jahr legte das Institut mit dem „Lexikon zur Geschichte Südosteuropas“ ein weiteres Grundlagenwerk vor (das 2016 unter der Ägide des IOS stark erweitert ein zweites Mal erschienen ist). Die Zeitschrift „Südosteuropa“ konnte trotz der Auflösung der Gegenwartsabteilung durch gemeinschaftliches Engagement der am Institut verbliebenen Historiker*innen und insbesondere der nach Berlin versetzten Hauptredakteurin, Kathrin Sitzler, am Institut erhalten werden. Die „Untersuchungen zur Gegenwartskunde Südosteuropas“ wurden 2006 thematisch in die „Südosteuropäischen Arbeiten“ integriert, deren editorische Betreuung intensiviert werden konnte. 2007 erfolgte der Umzug des Südost-Instituts nach Regensburg. Es begann eine neue Phase der Institutsgeschichte.
Archivalien zur Geschichte des Südost-Instituts (1930–2011)
Über das Südost-Institut als die ältere seiner Vorgängereinrichtungen hat das IOS als Einrichtung der Südosteuropaforschung international eine der längsten Traditionen. Innerhalb der außeruniversitären deutschen Forschungsszene zum östlichen Europa steht es dahingehend mit seiner institutionellen Kontinuität bis in die späte Weimarer Republik sogar einzigartig da. Entsprechend bedeutsam sind die erhaltenen Akten des Südost-Instituts für die Geschichte der deutschen und internationalen Südosteuropaforschung.
Diese werden seit einem ersten Schwung im Jahr 2001 als Dauerleihgabe beim Bayerischen Hauptstaatsarchiv (München) durch die dortige Abteilung V (Nachlässe und Sammlungen) professionell bewahrt und der Forschung zugänglich gemacht. Die damalige erste große Materialabgabe ist durch ein eigenes Findbuch ausgezeichnet erschlossen. Die darin inbegriffenen 370 Archiveinheiten umfassen neben den Akten und der amtlichen Institutskorrespondenz von 1930 bis ca. 1970 insbesondere auch in 36 Einheiten die umfangreiche Instituts-Korrespondenz von Fritz Valjavec von 1936 bis 1960. Gesondert aus diesem erschlossenen Bestandsteil zu erwähnen ist neben vier kleineren (Teil-)Nachlässen (Alfred Csallner; Lutz Korodi; Franz von Scheiger; und Lajos Liptay) der umfangreiche Nachlass von Carl Patsch (1865-1945; 109 Archiveinheiten), der für die Geschichte der habsburgischen Balkanarchäologie und der allgemeinen Balkanforschung vor 1918 hochbedeutsam ist.
In einer zweiten Aktenabgabe ging Anfang 2020 erneut eine große Menge von wichtigem Material an das Bayerische Hauptstaatsarchiv. Die zu diesem Zeitpunkt 36 Umzugskartons aus dem Bestand des Südost-Instituts umfassen die Institutskorrespondenzen und -akten ab etwa 1960 bis in die 1990er Jahre. Sie wurden bislang von der Forschung noch nicht verwendet, werden aber aktuell (2022) bereits durch das Hauptstaatsarchiv abschließend geordnet und damit für die künftige Benützung erschlossen. Das Gleiche gilt für Sonderteilbestände dieser zweiten Materialgabe wie den Teilnachlass von Momčilo Vuković Birčanin (serbischer monarchistischer Exilaktivist und Sekretär des Thronprätendenten Petar II. Karađorêvić) oder für 46 Originalschreiben von Milovan Djilas aus den Jahren 1955–1961 und für andere wertvolle Einzelstücke.
Vgl. auch für die unter Bibliotheksaspekten wichtigsten Nachlassbestände aus dem Umfeld des IOS „Archive und Nachlässe“.